1、論文檢測系統(tǒng)的缺陷降低學(xué)術(shù)成果信息、學(xué)術(shù)素養(yǎng)的控制效果 
　　論文檢測系統(tǒng)為論文檢測使用者提供判斷學(xué)術(shù)不端行為或?qū)W術(shù)論文質(zhì)量的數(shù)字化指標(biāo)，即復(fù)制比。論文檢測系統(tǒng)存在的某些不足會使復(fù)制比準(zhǔn)確性下降，從而出現(xiàn)誤判或漏判學(xué)術(shù)不端行為的現(xiàn)象，不利于學(xué)術(shù)成果信息生態(tài)系統(tǒng)健康。 
　　導(dǎo)致誤判現(xiàn)象出現(xiàn)原因包括：同一課題組成員發(fā)表的學(xué)術(shù)論文復(fù)制比高，同一課題組成員運用的基礎(chǔ)理論、研究方法、學(xué)術(shù)設(shè)備都相同，而這些都需要在學(xué)術(shù)論文中有所描述；綜述類學(xué)術(shù)論文復(fù)制比高，文中需要大量引用他人學(xué)術(shù)論文的原始語句，作者雖做了正確標(biāo)引，但多數(shù)情況下論文檢測系統(tǒng)仍將其算入復(fù)制比；論文檢測系統(tǒng)不穩(wěn)定，判定為重復(fù)的部分，查找原始參考文獻(xiàn)，沒有發(fā)現(xiàn)相似之處。導(dǎo)致錯判現(xiàn)象出現(xiàn)的原因包括：稍加改動的多源抄襲；對比庫收錄不全；非文字類型數(shù)據(jù)難識別。 
　　論文檢測系統(tǒng)的誤判導(dǎo)致某些期刊論文被無辜退稿，部分作者為增加稿件錄用概率會減少撰寫某類易被誤判的學(xué)術(shù)論文，因此，學(xué)術(shù)成果信息數(shù)量有所降低。作者會特意改變論文的表述方式以防止誤判現(xiàn)象的發(fā)生，例如，刻意添加圖表以降低綜述類學(xué)術(shù)論文的復(fù)制比，因此，學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量略微下降。 
　　論文檢測系統(tǒng)的漏判使抄襲者存在僥幸心理，放縱自身的學(xué)術(shù)不端行為。這種不良之風(fēng)容易相互影響，吸引更多作者加入到其中，導(dǎo)致學(xué)術(shù)道德水平下降的趨勢蔓延。同時，某些作者不再專注于知識積累來提高學(xué)術(shù)能力，而是花費心思在如何采取多種手段逃避論文檢測系統(tǒng)的檢測。 
　　2、論文檢測結(jié)果的不合理應(yīng)用降低學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量的管控力度 
　　復(fù)制比設(shè)置不合理。對于學(xué)位論文而言，大多數(shù)高校采用同一復(fù)制比來判定其質(zhì)量。基礎(chǔ)理論方面的學(xué)位論文與應(yīng)用技術(shù)方面的學(xué)位論文的寫作方式和方法不同，采取“一刀切”的手段不太合理。碩士學(xué)位論與博士學(xué)位論文的篇幅相差巨大，設(shè)置同一復(fù)制比，也不太適宜。對于期刊論文而言，雜志社也設(shè)置同一復(fù)制比來判定學(xué)術(shù)不端行為。綜述類文章復(fù)制比明顯偏高。圖表多的文章復(fù)制比明顯偏低。 
　　論文檢測服務(wù)使用者采用單一方式管理學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量，雖在執(zhí)行時提高了工作效率，但在學(xué)術(shù)論文質(zhì)量控制效果上不太令人滿意。不同領(lǐng)域的學(xué)術(shù)論文具有不同特性，論文檢測服務(wù)使用者應(yīng)采取多角度思維的方式，使得復(fù)制比的設(shè)置更能適應(yīng)學(xué)術(shù)論文的特性，從而提高學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量控制的成效。 
　　過分依賴復(fù)制比。當(dāng)學(xué)位論文超過高校設(shè)置的最高復(fù)制比時，研究生的答辯會被推遲。當(dāng)期刊論文超過雜志社設(shè)置的最高復(fù)制比時，會被退稿。部分高?；螂s志社僅依賴論文檢測系統(tǒng)來評判學(xué)術(shù)論文的質(zhì)量，顯得過于武斷。復(fù)制比高的學(xué)術(shù)論文不一定是質(zhì)量差的學(xué)術(shù)論文。學(xué)術(shù)論文并不是作者的胡亂想象、隨意瞎寫而成。作者需要閱讀大量的參考文獻(xiàn)，并在此基礎(chǔ)提出創(chuàng)新性的思想。因而，學(xué)術(shù)論文會涉及他人的思想，重復(fù)在所難免。復(fù)制比高的文章，不能說明文章中沒有創(chuàng)新點或創(chuàng)新點少。 
　　論文檢測服務(wù)使用者過于依賴復(fù)制比判別學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量，違背論文檢測系統(tǒng)的設(shè)計初衷。學(xué)術(shù)論文的創(chuàng)新性才是衡量學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量的首要指標(biāo)。復(fù)制比與學(xué)術(shù)論文的創(chuàng)新性存在一定的聯(lián)系，但二者不能等同。論文檢測服務(wù)使用者應(yīng)僅將復(fù)制比作為參考指標(biāo)，采取多種途徑來判斷學(xué)術(shù)成果信息質(zhì)量。 
　　3、論文檢測的監(jiān)管不嚴(yán)加深檢測系統(tǒng)缺陷及檢測結(jié)果不當(dāng)使用的負(fù)面影響 
　　論文檢測服務(wù)的提供機構(gòu)對每篇學(xué)術(shù)論文的檢測次數(shù)沒有設(shè)置上限，使得作者可以反復(fù)對論文進(jìn)行檢測。進(jìn)行反復(fù)論文檢測的作者分為兩種：一種是論文質(zhì)量水平高，作者為防止被論文檢測系統(tǒng)誤判而反復(fù)檢測，并將語句通順、含義明確的文章改得面目全非，降低文章原有的質(zhì)量水平；一種是論文質(zhì)量水平低，文章中含有大量抄襲內(nèi)容，作者為避免抄襲行為被論文檢測發(fā)現(xiàn)而反復(fù)檢測，并采取多種手段改變文章的表達(dá)方式，使含有大量抄襲內(nèi)容的文章得以發(fā)表或通過高校的論文檢測，以次充好。這兩種作者雖都是為了降低復(fù)制比而反復(fù)檢測，但其目的偏向性上稍有區(qū)別。

　　第一種作者的行為是由論文檢測的不合理應(yīng)用而導(dǎo)致，論文檢測的監(jiān)管漏洞助推了這種矯枉過正行為，使學(xué)術(shù)成果信息的原有質(zhì)量有所下降；第二種作者的行為是由論文檢測的缺陷而導(dǎo)致，論文檢測的監(jiān)管缺失為這種學(xué)術(shù)不端行為提供了便利，使大量低質(zhì)量水平的學(xué)術(shù)成果信息存在于學(xué)術(shù)成果信息生態(tài)系統(tǒng)中。